Optimización de un protocolo para aislamiento de ADN en tejido foliar de cacao (Theobroma cacao L.) para la amplificación con marcadores moleculares Optimizing a protocol for DNA isolation of cocoa (Theobroma cacao L.) leaf tissue for amplification with molecular markers

Resumen

La extracción de ADN libre de polisacáridos, polifenoles, proteínas y ARN de plantas constituye el paso inicial para diversos estudios en Biología molecular. Existen varios métodos de extracción de ADN específicos para cacao (Theobroma cacao L.); sin embargo, consumen mucho tiempo, utilizan reactivos y equipos costosos. El objetivo del presente estudio fue optimizar y comparar dos métodos de extracción de ADN: 2-β-mercaptoetanol (BME) y CTAB modificado en este estudio (CTAB-Mod), para seleccionar el más apropiado, rápido y eficiente para aislar ADN en tejido foliar de cuatro clones de cacao. Se utilizaron técnicas de espectrofotometría, electroforesis en geles de agarosa y marcadores moleculares para evaluar la concentración, pureza y funcionalidad del ADN obtenido mediante los dos métodos. Los valores de las concentraciones del ADN (absorbancia a A₂₆₀ nm) y pureza (relación A₂₆₀/A₂₈₀ nm) fueron analizados estadísticamente, de acuerdo a un diseño completamente al azar, con arreglo de tratamientos factorial 2x4, el primer factor (método de extracción) a dos niveles y el segundo factor (clones de cacao) a cuatro niveles. La concentración promedio del ADN (A₂₆₀ nm) en el protocolo optimizado CTAB-Mod mostró diferencias significativas (p≤ 0,01) y un rendimiento de 3,93 ng.µL^-1/mg de tejido foliar utilizado. La funcionalidad del ADN por amplificación PCR con marcadores SSR generó perfiles de bandas con buena resolución y de fácil interpretación. Se recomienda el uso del protocolo optimizado CTAB-Mod para extraer y obtener ADN de alto rendimiento, calidad y pureza para su aplicación con marcadores moleculares.